Нацистская пропаганда преподносила деятельность «Аненербе» как изучение корней германской нации, из которых произрастали и развивались нацистские эсэсовские организации. Учреждаемое с целью более или менее научных исследований, общество очень быстро выродилось под патронажем Гиммлера в преступную организацию, занимавшуюся чудовищными медицинскими экспериментами на людях. Во главе медицинского факультета Страсбургского университета - основного центра медицинских исследований общества - был поставлен штурмбаннфюрер СС д-р Хирт. Генеральным секретарем общества «Аненербе» был Зиверс.
В своей финальной фазе «Аненербе» превратилось в бюрократического спрута, рвущегося к власти, например, к контролю в конце войны над совершенно не имеющей никакого к нему отношения программой Ф-2, которую возглавлял Вернер фон Браун. 1 января 1942 оно было включено в состав личного штаба Гиммлера и полностью стало органом СС. Общество прекратило свое существование с концом Третьего рейха.